Fængslet i Kastellet
Kastellet fungerede under enevælden som Københavns militær- og statsfængsel. Arrestbygningen i Kastellet var bygget op ad kirken med huller fra fængselscellerne til kirkerummet, så fangerne kunne følge med i gudstjenesterne.
Flere prominente fanger sad i Kastellet især anklaget for forbrydelser mod kongen eller Kongeloven. I 1676 blev Peder Schumacher Griffenfeld udsat for en fingeret henrettelse på kirkepladsen. Rigets engang mægtigste mand efter kongen knælede allerede, bødlen havde løftet sit sværd, da en officer råbte: “Der er pardon!” I stedet for at lide døden sad Schumacher fængslet i fire år, til han blev overført til Norge for videre afsoning.
I 1772 afventede Struensee i ca. tre måneder sin henrettelse i Kastellets fængsel, lænket til væggen bag gittervinduet til venstre for døren i bygningen Fortunstokken. Forhørene fandt sted i kommandantbygningen, det gule hus i den modsatte ende af kirkepladsen.
Statsfanger sad på Kongens nåde. Kaperkaptajnen John Norcross, der blev fanget af Tordenskjold, flygtede så mange gange fra sin celle, at han til sidst sad i et tremmebur i hjørnet af cellen. I sit bur tæmmede han mus, som gemte sig i hans hvide skæg.
Efter enevælden mistede Kastellet sin funktion som statsfængsel. Det vedblev dog med at være militærfængsel. Senest sad værnemagtens befuldmægtigede, Werner Best, som fange i Kastellet lige efter 1945.
Høvdinge-strid
I 1846 kom to fanger fra Guldkysten: høvding Adum og en af hans fæller. Den danske guvernør havde fået dem arresteret efter drabet på nabohøvdingens to små sønner, der havde nappet Adum i hårene på læggene under et møde mellem de to stridende høvdinge. De to afrikanere gik klædt i høj hat og lang skødefrakke ret frit omkring i Kastellet og samlede cigarskod. I 1849 blev Guldkysten afhændet til England, og de to blev hjemsendt. På Nationalmuseet opbevares endnu den tromme, de havde overhældt med blod fra de to drenge efter drabene – så drengenes sjæle skulle pines, hver gang der blev slået på trommen.